Нокаут генов Т-клеточного рецептора и HLA класса I в клетках человека с использованием системы CRISPR /Cas9
Аннотация
Система геномного редактирования CRISPR /Cas9, как инструмент для нокаута генов, нашла широкое применение в клеточной биологии для получения клеток определенного фенотипа. В частности, она используется для создания универсальных донорских CAR-T-лимфоцитов путем нокаута генов TRAC, TRBC1 и TRBC2 T-клеточногорецептора и гена B2M, входящего в состав HLA класса I. Для получения большого количества клеток нужного фенотипа необходимо оптимизировать систему геномного редактирования, эффективность которой определяется используемой sgRNA. В настоящей работе экспериментально определены последовательности, позволяющие получить до 60,3 % клеток, негативных по экспрессии белка B2M, и до 71,8 % клеток, негативных по экспрессии Т-клеточного рецептора. Также показано, что одновременное использование двух sgRNA для нокаута гена демонстрирует более низкую эффективность по сравнению с использованием данных sgRNA по отдельности.
Литература
- Peng R, Lin G, Li J. Potential pitfalls of CRISPR /Cas9-mediated genome editing. FEBS Journal. 2016;283(7):1218–1231. DOI: 10.1111/febs.13586.
- Depil S, Duchateau P, Grupp SA, Mufti G, Poirot L. «Off-the-shelf» allogeneic CAR T cells: development and challenges. Nature Reviews Drug Discovery. 2020;19(3):185–199. DOI: 10.1038/s41573-019–0051-2.
- Daer RM, Cutts JP, Brafman DA, Haynes KA. The impact of chromatin dynamics on Cas9-mediated genome editing in human cells. ACS Synthetic Biology. 2017;6(3):428–438. DOI: 10.1021/acssynbio.5b00299.
- Concordet J-P, Haeussler M. CRISPOR: intuitive guide selection for CRISPR /Cas9 genome editing experiments and screens. Nucleic Acids Research. 2018;46(W1):W242–W245. DOI: 10.1093/nar/gky354.
- Ran FA, Hsu PD, Wright J, Agarwala V, Scott DA, Zhang F. Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system. Nature Protocols. 2013;8(11):2281–2308. DOI: 10.1038/nprot.2013.143.
- Alharbi AB, Schmitz U, Bailey CG, Rasko JEJ. CTCF as a regulator of alternative splicing: new tricks for an old player. Nucleic Acids Research. 2021;49(14):7825–7838. DOI: 10.1093/nar/gkab520.
- Mandal PK, Ferreira LMR, Collins R, Meissner TB, Boutwell CL, Friesen M, et al. Efficient ablation of genes in human hematopoietic stem and effector cells using CRISPR /Cas9. Cell Stem Cell. 2014;15(5):643–652. DOI: 10.1016/j.stem.2014.10.004.
- Yuen G, Khan FJ, Gao S, Stommel JM, Batchelor E, Wu X, et al. CRISPR/Cas9-mediated gene knockout is insensitive to target copy number but is dependent on guide RNA potency and Cas9/sgRNA threshold expression level. Nucleic Acids Research. 2017;45(20):12039–12053. DOI: 10.1093/nar/gkx843.
- Ren J, Zhang X, Liu X, Fang C, Jiang S, June CH, et al. A versatile system for rapid multiplex genome-edited CAR T cell generation. Oncotarget. 2017;8(10):17002–17011. DOI: 10.18632/oncotarget.15218.
- Joberty G, Fälth-Savitski M, Paulmann M, Bösche M, Doce C, Cheng AT, et al. A tandem guide RNA-based strategy for efficient CRISPR gene editing of cell populations with low heterogeneity of edited alleles. CRISPR Journal. 2020;3(2):123–134. DOI: 10.1089/crispr.2019.0064.
Copyright (c) 2022 Экспериментальная биология и биотехнология
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial» («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная.
Авторы, публикующиеся в данном журнале, соглашаются со следующим:
- Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial. 4.0 International (CC BY-NC 4.0).
- Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договоренности, касающиеся неэксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге) со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.
- Авторы имеют право размещать их работу в интернете (например, в институтском хранилище или на персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу. (См. The Effect of Open Access).