Исследование методов нормировки данных в экспериментах с использованием фотообесцвечивания
Аннотация
Исследованы алгоритмы нормировки данных эксперимента по восстановлению флуоресценции после фотообесцвечивания на примерах моделей диффузии и молекулярных взаимодействий белка актина, отражающих особенности проведения эксперимента. Представлен сравнительный анализ методов нормировки данных и впервые предложена их классификация по признакам, характеризующим биологическую систему. Проведено сравнение подходов к усреднению экспериментальных данных и оценок параметров. Показано, что усреднение оценок параметров, а не самих экспериментальных данных позволяет получить менее смещенные оценки параметров биологической системы.
Литература
- Carnell M., Macmillan A., Whan R. FRAP: Acquisition, Analysis, and Applications. Methods Mol. Biol. 2015. Vol. 1232. P. 255–271. DOI: 10.1007/978-1-4939-1752-5_18.
- Halavatyi A., Nazarov P., Tanoury Z., et al. A mathematical model of actin filament turnover for fitting FRAP data. Eur. Biophys. J. 2010. Vol. 39, No. 4. P. 669–677. DOI: 10.1007/s00249-009-0558-2.
- Sustr D., Duschl C., Volodkin D. FRAP-based evaluation of protein diffusion in polyelectrolyte multilayers. Eur. Polym. J. 2015. Vol. 68. P. 665–670. DOI: 10.1016/j.eurpolymj.2015.03.063.
- Sprague B. L. FRAP analysis of binding: proper and fitting. Trends Cell Biol. 2005. Vol. 15, No. 2. P. 84–91. DOI: 10.1016/j.tcb.2004.12.001.
- Antonenko M. V., Golovatyi A. A., Yatskov N. N. Analiz krivykh vosstanovleniya fluorestsentsii posle fotoobestsvechivaniya. ITS-2012 : materialy XI Mezhdunar. nauchn. konf. (Minsk, 24 Oct. 2012). Minsk, 2012. P. 295–297 (in Russ.).
- Kang M., Andreani M., Kenworthy A. K. Validation of Normalizations, Scaling, and Photofading Corrections for FRAP Data Analysis. PLoS One. 2015. Vol. 10 (5). P. 1–28. DOI: 10.1371/journal.pone.0127966.
- Yuste S. B., Abad E., Baumgaertner A. Anomalous diffusion and FRAP dynamics in the random comb model. Phys. Rev. 2016. Vol. 94. P. 1–35. Article ID 012118. DOI: 10.1103/PhysRevE.94.012118.
- Miura K. Analysis of FRAP Curves. 2005 [Electronic resource]. URL: www.embl.de/eamnet/frap/FRAP.html (date of access: 03.05.2016).
- Soumpasis D. Theoretical analysis of fluorescence photobleaching recovery experiments. Biophys. J. 1983. Vol. 41, issue 1. P. 95–97. DOI: 10.1016/S0006-3495(83)84410-5.
- Donnert G. Major signal increase in fluorescence microscopy through dark-state relaxation. Nat. Methods. 2007. Vol. 4. P. 81–86. DOI: 10.1038/nmeth986.
- Habuchi S. Reversible single-molecule photo switching in the GFP-like fluorescent protein Dronpa. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.A. 2005. Vol. 102, No. 27. P. 9511–9516. DOI: 10.1073/pnas.0500489102.
Copyright (c) 2017 Журнал Белорусского государственного университета. Физика
Это произведение доступно по лицензии Creative Commons «Attribution-NonCommercial» («Атрибуция — Некоммерческое использование») 4.0 Всемирная.
Авторы, публикующиеся в данном журнале, соглашаются со следующим:
- Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial. 4.0 International (CC BY-NC 4.0).
- Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договоренности, касающиеся неэксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге) со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.
- Авторы имеют право размещать их работу в интернете (например, в институтском хранилище или на персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу. (См. The Effect of Open Access).